A、ATP分子中只有高能磷酸键储存着大量能量，A错误；
B、三磷酸腺苷可简写A-P～P～P，B错误；
C、ATP中大量的能量储存在高能磷酸键中，腺苷和磷酸基团之间为普通磷酸键，C错误；
D、ATP中大量的能量储存在高能磷酸键中，D正确．
故选：D．