原核生物没有内含子,DNA复制和转录相对较容易也比较简单,调控几乎完全由基因上游的RNA聚合酶结合位点控制；
而真核生物由于内含子的存在,有了“可变剪接”的可能,内含子也可以调控部分DNA合成的问题,比如针对环境变化调整转录出的蛋白质的结构、组成等；
另外,真核原核生物的核糖体也是不一样的,其中蛋白质和核糖体RNA都有显著的区别.原核生物在拟核区发生转录,而真核生物则在细胞核内.