（1）原核生物mRNA以多顺反子的形式存在,真核生物mRNA一般以单顺反子形式存在.
（2）原核生物mRNA的转录与翻译一般是偶联的,真核生物转录的mRNA前体需经过转录后加工,加工为成熟的mRNA与蛋白质结合生成信息体后才开始翻译.
（3）原核生物mRNA半衰期短,一般为几分钟,最长只有数小时.真核生物mRNA的半衰期较长.
（4）原核与真核生物mRNA的结构特点也不同.