A、因原子不是实心球体，说法错误，故A错误；
B、二氧化硫具有刺激性气味，但单个分子不具有气味，故B错误；
C、纯净的氢气在氧气中完全燃烧后生成水，水是由水分子构成的，说法正确，故C正确；
D、离子是原子得到或失去电子形成的，说法错误，故D错误；
故选：C．