have been done是动词的谓语形式,是现在完成时的被动语态；而done是动词的-ed分词形式,是动词非谓语形式的一种,在句子中可以做状语,也可以做表语等.
你所说的可能是having been done和done作状语的区别吧!having been done和done作状语的区别是having been done强调的是发生在谓语动词之前的动作.