A、由同种元素组成的物质，不一定是纯净物，例如，石墨与金刚石混合在一起，由碳元素组成，属于混合物，所以，A错误；
B、由不同种元素组成的物质，不一定是纯净物，例如，空气中含有多种元素，属于混合物，所以，B错误；
C、由同种分子构成的物质，物质的组成种类只有一种，属于纯净物，所以，C正确；
D、由一种元素的阳离子跟另一种元素的阴离子构成的物质，不一定是纯净物，例如，氯化亚铁和氯化铁混合在一起，是由铁元素的阳离子跟氯元素的阴离子构成的物质，属于混合物，所以，D错误．
故选C．