(1)设2006年底至2008年底手机用户的数量年平均增长率为x,
依题意得50(1+x)2=72,
∴1+x=±1.2,
∴x1=0.2,x2=-2.2(不合题意,舍去),
∴2006年底至2008年底手机用户的数量年平均增长率为20%;
(2)设每年新增手机用户的数量为y万部,
依题意得[72(1-5%)+y](1-5%)+y≥103.98,
即(68.4+y)•0.95+y≥103.98,
68.4×0.95+0.95y+y≥103.98,
64.98+1.95y≥103.98,
1.95y≥39,
∴y≥20(万部).
∴每年新增手机用户数量至少要20万部.