①差速离心,可以将两种DNA分离
②凝胶电泳,分离开两种DNA后,将迁移最慢的条带（染色体DNA）剪下,用洗脱液洗脱下来.
③碱变性裂解法,细菌悬浮液在高碱性条件下,染色体和蛋白质变性,质粒DNA由于其超螺旋共价闭合结构,双链不会分离,再以PH4.8的高盐缓冲液调节其PH至中性,质粒DNA可再度复性,其速度比染色体DNA复性快,重新溶于溶液,而染色体DNA复性慢,并且易与变性的蛋白质纠缠沉淀,短时间内离心可分离到粗染色体DNA,而后除去蛋白质和RNA就可得到染色体DNA .