A、一种元素的原子和另一种元素的离子，符合不同质子数、相同电子数的两种粒子，故A正确；
B、同一元素，质子数就一定相同，故B错误；
C、不同元素的原子，电子数肯定不同，故C错误；
D、不同元素的离子，如Na⁺  和 Mg²⁺，都是离子，而且质子数不同，而电子数相同，故D正确．
故选AD．