A、一种分子和一种离子是不可能的，因为对于分子来说质子数和电子数是相等的，对于离子来说质子数和电子数是不相等的，所以一种分子和一种离子要么质子数相等，要么电子数相等，不可能质子数和电子数都相等；
B、两种不同的离子是可能的，例如：OH^-和F^-都含有9个质子，10个电子；
C、一种分子和一种原子是可能的，例如：水分子和氖原子都是有10个质子和10个电子，
D、两种不同的分子是可能的，例如：H₂O分子和NH₃分子都含有10个质子，10个电子．
故选：A．