某些细菌在生长后期能够形成一种特有的休眠状态的细胞,称为内生孢子,亦称芽孢.在不同细菌中,芽孢所处的位置不同,有的在中部,有的在偏端,有的在顶端.芽孢一般呈圆形、椭圆形、圆柱形.在有些细菌中,芽孢的直径小于菌体直径,这些细菌称为芽孢杆菌,为好氧细菌；在另一些细菌中,芽孢的直径大于菌体直径,使整个菌体呈梭形或鼓塑形,这些细菌称为梭状芽孢杆菌,为厌氧菌.在球菌和螺菌中,只有少数种类有芽孢.