亲,用is是对的,这句可以意译成,时间过得真快,三年时间一眨眼就过去了.
首先这句话是在说一个客观事实,就比如,the earth is round 一样,用一般现在时.
另外不妨看一下前半句,用的也是一般现在时.这也是做题时的一个方法~