首先,这个having done 的原型have done 是用于完成时态,即水是已经烧开的,而having done是用于ing作状语从句,修饰主语的动作.表示水烧开了（done）的这个动作是先于主语的动作 （i prefer）.这个的用法在这里主要强调后面这个意思,动作先行.