①由生殖细胞直接发育成的个体都属单倍体，不一定有几个染色体组，如四倍体的单倍体有二个染色体组，①错误；
②单倍体是由生殖细胞直接发育成的个体，所以染色体数目要看是哪种生物，不同物种不同，②错误；
③单倍体是由生殖细胞直接发育而来，所以含有本物种配子染色体数，③正确；
④二倍体的单倍体无同源染色体，多倍体的单倍体中的同源染色体的对数也不确定，要具体看是哪种生物，④错误；
⑤单倍体是由生殖细胞直接发育而来，⑤正确．
故选：D．