分子直径不是一个准确概念,首先不存在球形分子,原子常被视为球形,但分子是由若干原子按一定空间方式结合成的,不存在球对称.
对于某些近似球形分子（三维尺度相近）,可以根据原子的共价半径或范德华半径（根据具体情况而定）和原子的排列方式,估算其平均直径.具体的估算方法先要合理建立三维坐标,然后计算每一维度的长度,最后取平均值.坐标的选法不同结果不同,合理只是相对而言.
对于不可粗略近似为球形的分子,直径的概念毫无意义.