一个由20种、500个氨基酸组成的蛋白质，它的氨基酸的可能的排列顺序：每个氨基酸位置有20种可能的排列方式，500个氨基酸位置，可能排列顺序是20⁵⁰⁰种，A正确．
故选：A．