所谓的碱基堆积力是指在DNA双螺旋结构中,碱基对平面垂直于中心轴,层叠于双螺旋的内侧,相邻疏水性碱基在旋进中彼此堆积在一起相互吸引形成的作用力.双链DNA中的碱基比单链DNA中碱基的堆积程度高,是由两条链配对碱基间的氢键引起的.所有的碱基都指向正确方向时,达到最大的氢键键合.已经被堆积的碱基更容易键合,已经被氢键定向的碱基更容易堆积.氢键和碱基堆积是一致的,两者是一种协同作用,处于中间的碱基比两边的碱基稳定.
从嘌呤到嘧啶方向的碱基堆积作用大于从嘧啶到嘌呤方向的碱基堆积作用.
疏水相互作用力,简称疏水力,它不是讨论分子间的相互作用力,主要是讨论吸附力,是讨论溶剂对溶质的作用.确切地说,是溶剂分子对溶质分子产生的力,与分离过程中的分子平衡研究对象相同,属微观过程,但这种微观过程的变化又会引起宏观热力学量的改变.
所以可以看出,碱基堆积力是因为碱基的疏水性而紧密堆积从而形成的一种力,以维持DNA的结构.而疏水作用则和分子本身水分子之间的一种力的关系.