A、变形虫是原生动物、水绵是低等植物、香菇是真菌，细胞结构有所区别，A错误；
B、蓝藻是原核生物、灵芝是真菌、豌豆是高等植物，细胞结构有较大差异，B错误；
C、小麦、番茄、玉米都是高等植物，它们的细胞结构最相似，C正确；
D、大肠杆菌是原核生物、酵母菌和霉菌都是真菌，它们的细胞结构有较大差异，D错误．
故选：C．