A、小麦和番茄都是高等植物，它们的细胞结构最相似，A正确；
B、大肠杆菌是原核细胞，而酵母菌细胞真核细胞，两者的细胞结构存在较大差异，B错误；
C、乳酸菌和蓝藻都属于原核生物，它们的细胞结构最相似，C正确；
D、灵芝是一种真菌，而豌豆是高等植物，两者的细胞结构有所区别，D错误．
故选：AC．