A、氨基酸的数目、种类和排列顺序与蛋白质多样性有关，A错误；
B、构成蛋白质的多肽链的数目不同，氨基酸的数量、蛋白质的空间结构可能不同，因此蛋白质可能不同，B错误；
C、不同蛋白质的氨基酸都至少含有一个氨基和一个羧基，因此氨基酸至少含有一个氨基和一个羧基是组成蛋白质的氨基酸的特点，与蛋白质多样性无关，C正确；
D、蛋白质的空间结构不同是蛋白质多样性的原因之一，D错误．
故选：C．