在中国大陆地区的教科书中,均将微生物划分为以下8大类：
　　细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次体、支原体、衣原体、螺旋体.
　　西方与日本的教科书与上面大同小异.
　　另外广义的微生物还会将原生动物门中的一些及其一些微浮游动物和微藻（也就是单细胞植物）包括进来.