A、核苷酸的组成种类不同，核酸分子结构不同，其功能也不同，核苷酸组成种类与功能多样性有关，A错误；
B、核苷酸与核苷酸之间通过磷酸二酯键连接，DNA的碱基对之间通过氢键连接，不同分子的核酸，核苷酸的连接方式相同，与核酸分子结构多样性无关，与功能多样性也无关，B正确；
C、核苷酸的排列顺序不同核酸分子的结构不同，功能也不相同，因此核苷酸的排列顺序与功能多样性有关，C错误；
D、核苷酸数目多少不同，核酸分子的结构不同，其功能不同，因此核苷酸的数目与核酸功能多样性有关，D错误．
故选：B．