A、太空椒培育原理是基因突变，抗虫棉培育原理是基因重组，A错误；
B、“番茄-马铃薯”和无子西瓜培育原理都是染色体变异，B正确；
C、矮秆抗病杂交水稻培育原理是基因重组，无子番茄培育原理是生长素促进果实发育，C错误；
D、青霉素高产菌株培育原理是基因突变，八倍体小黑麦培育原理是染色体变异，D错误．
故选：B．