A、氢原子尽管很小，但还可以再分，氢原子可由原子核和电子构成，故A错；
B、原子在变为离子时，变化的是核外电子，而质子数不变，故B错；
C、根据常见物质的构成，如水由分子构成，铁由原子构成，氯化钠由离子构成，则分子、原子、离子都可以直接构成物质，故C正确；
D、水的液态、气态、固态分子之间都有间隔，只是间隔大小不同，故D错．
故选C．