酵母菌是典型的单细胞真核微生物.酵母菌细胞的形态通常有球形、卵圆形、腊肠形、椭圆形、柠檬形或藕节形等.比细菌的单细胞个体要大得多,一般为1~5微米或5~20微米.酵母菌无鞭毛,不能游动,有细胞壁、细胞膜、细胞核、细胞质、液泡、线粒体等,有的还具有微体.
大多数酵母菌的菌落特征与细菌相似,但比细菌菌落大而厚,菌落表面光滑、湿润、粘稠,容易挑起,菌落质地均匀,正反面和边缘、中央部位的颜色都很均一,菌落多为乳白色,少数为红色,个别为黑色.