A、因水分子和氖具有相同的质子数，则可能是分子和原子的说法正确；
B、因钠离子和铵根离子的质子数都是11，则可能是两种离子的说法正确；
C、因钠原子、钠离子具有相同的质子数，但电子数不同，则该选项说法错误；
D、因水分子、氨分子、氖等具有相同的质子数，但不一定是同种元素组成的粒子，说法正确；
故选C．