A、在减数第一次前期时，同源染色体会发生两两配对的现象，即联会，A正确；
B、在减数第一次前期的四分体时期，同源染色体的非姐妹染色单体之间可能会发生交叉互换，导致基因重组，B正确；
C、在减数第一次分裂后期时，同源染色体发生彼此分离，非同源染色体发生自由组合，C正确；
D、姐妹染色单体分离发生在着丝点分裂时，改变发生在减数第二次分裂后期，D错误．
故选：ABC．