叶绿体基质里面含有各种无机盐和其他的一些有机物,如糖类,ATP和蛋白质等,其中最重要的是与光合作用暗反应有关的酶和少量的DNA；线粒体基质里面也含有各种各样的无机盐和其他的有机物等,但是最重要得也是与呼吸作用有关的酶和少量的DNA；
细胞质基质里面也是含有大量得水,无机盐,氨基酸,ATP,酶等.主要是作用是新陈代谢得场所.