A、“与RNA聚合酶结合位点”是启动子，是基因中的一段碱基序列，而起始密码子位于mRNA上，A错误；
B、转录过程需要RNA聚合酶，则“RNA聚合酶结合位点”是转录时与RNA聚合酶的一个结合，B正确；
C、启动子是一段特殊结构的DNA片段，位于基因的首端，即位于编码区上游，C正确；
D、启动子是RNA聚合酶识别和结合的部位，驱动基因转录形成信使RNA，D正确．
故选：A．