DNA上的一段在进化上相对保守的碱基序列,即启动子那就可以说他的识别位点是DNA上的碱基，是吧？这么说也可以勉强接受RNA聚合酶作用于磷酸二酯键，那他为什麽还要识别碱基，而不是磷酸二酯键？只有先识别了DNA上对应的碱基才知道从哪里开始合成RNA进而翻译成蛋白质，作用于磷酸二酯键合成RNA的只是RNA聚合酶的几个亚基而非全体。（以下引自百度百科）催化转录的RNA聚合酶是一种由多个蛋白亚基组成的复合酶。如大肠杆菌的 RNA聚合酶有五个亚基组成，其分子量为480000，含有α，β，β’，δ等4种不同的多肽，其中α为两个分子，所以全酶（holoenzyme）的组成是α2ββ’δ。α亚基与RNA聚合酶的四聚体核心（α2ββ’）的形成有关；β亚基含有核苷三磷酸的结合位点；β’亚基含有与DNA模板的结合位点；而Sigma因子只与RNA转录的起始有关，与链的延伸没有关系，一旦转录开始，δ因子就被释放，而链的延伸则由四聚体核心酶（core enzyme）催化。所以，δ因子的作用就是识别转录的起始位置，并使RNA聚合酶结合在启动子部位。那麽转录完毕之后，RNA又是怎样释放的呢？是有某一种酶作用，还是怎样让他与DNA之间的碱基断裂的，如果是，那是什么酶呢？一般情况下，RNA聚合酶起始基因转录后，它就会沿着模板5‘-3’方向不停移动，合成RNA链，直到碰上终止信号时才会与模板DNA相脱离并释放新生RNA链。终止发生时，所有参与形成RNA-DNA杂合体的氢键都必须被破坏，模板DNA才能与有意义链重新组合成DNA双链。根据体外实验中RNA聚合酶是否需要辅助因子参与才能终止RNA链的延伸，可将大肠杆菌中的终止子分为不依赖于ρ因子和依赖于ρ因子两大类。在不依赖于ρ因子的终止反应中，没有任何其他因子的参与，核心酶也能在某些位点终止转录，即可特异性识别自身合成RNA的富GC发夹区与聚U区相连结构，并从模板DNA解离释放的过程。现已查明，模板DNA上存在终止转录的特殊信号--终止子。每个基因或操纵子都有一个启动子和一个终止子。ρ因子是一个由六个相同亚基组成的六聚体，具有NTP水解酶和解旋酶活性，能水解各种核苷酸三磷酸，通过催化NTP水解促使新生RNA从三元转录复合物中解离出来从而终止转录。目前认为ρ因子是RNA聚合酶终止转录的重要辅助因子。