光学显微镜一般放大倍数只有40-1000倍（包括油镜）只能看到细胞的大概结构,如细胞核,植物细胞的大液泡等,但根据观察的材料不同也可看到其他的结构,如在果蝇唾液腺细胞中就能清楚地看到染色体结构.
电子显微镜分电子扫描显微镜和电子透射显微镜,一般能放大50000倍以上,扫描显微镜一般用来观察物体表面状况,比如细胞膜表面.而投射显微镜一般用来观察内部结构,比如肌肉细胞中的肌肉纤维.