A．CH₃CH₂ CH₂CH₃和CH₃CH（CH₃）₂分子式相同，不含官能团，为碳链异构，故A不符合；
B．CH₂=C（CH₃）₂和CH₃CH=CHCH₃分子式相同，都含有C=C双键，双键位置不同、碳链不同，不是官能团异构，故B不符合；
C． 和分子式不同，不是同分异构体，故C不符合；
D．CH₃CH₂ CH₂COOH含有羧基，属于羧酸，CH₃COOCH₂ CH₃含有酯基，属于酯类，二者分子式相同，含有官能团不同，为官能团异构，故D符合；
故选D．