官能团异构指官能团不同,它们属于不同类别的有机物；而位置异构还是同样的官能团（不过连的位置不同）,它们是同类别的有机物.
举个例子：C3H8O中CH3CH2CH2OH和CH3CH(OH)CH3属于官能团位置异构,而CH3CH2CH2OH和CH3CH2-O-CH3属于官能团异构.