A、分子和原子不能比较大小，但由原子构成的分子，其一个分子比构成它的原子大，故选项错误．
B、分子、原子都是构成物质的粒子，分子、原子都能构成物质，故选项错误．
C、分子能保持物质的化学性质，由原子直接构成的物质，原子也能保持物质的化学性质，故选项错误．
D、在化学变化中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，故在化学变化中，分子可分，原子不可分，故选项正确．
故选：D．