Yet在此处并不是表示还未,还没有的意思,而是说但,却,表示关系转折.
所以这句话准确理解应该是：
The meeting was scheduled for two hours,but it is now over yet.
会议原定是两个小时,但现在却已结束了.
同时还要注意Yet还表示什么与什么,什么和什么,但前后两者表达意思为转折时才可以用,可以看得出Yet在英语中常被作为关系转折的词汇去使用,使用很灵活.