A、a²+（-b）²符号相同，不能用平方差公式分解因式，故A选项错误；
B、5m²-20mn两项不都是平方项，不能用平方差公式分解因式，故B选项错误；
C、-x²-y²符号相同，不能用平方差公式分解因式，故C选项错误；
D、-x²+9=-x²+3²，两项符号相反，能用平方差公式分解因式，故D选项正确．
故选：D．