木瓜中含有一种称为番木瓜(papain)的重要消化酶,可将蛋白质类食物分解成可消化的状态,可溶解高达其本身35倍的瘦肉,这就是人们会以木瓜来治疗蛋白质消化障碍的原因.其在木瓜树的叶部及尚未成熟的木瓜果皮中含量最多.