根据微生物的进化水平和各种性状上的明显差别,可分为
1.原核生物：粗分包括,细菌（狭义的）、放线菌、蓝细菌、支原体、立克次氏体和衣原体.
2.真核生物：主要包括菌物界中的真菌、粘菌、假菌,植物界中的显微藻类和动物界中的原生动物.真菌主要包括酵母,霉菌,蕈菌（蘑菇一类）.
3.非细胞微生物：包括真病毒和亚病毒,亚病毒含有类病毒,拟病毒,朊病毒.