①水稻根尖成熟区表皮细胞已经高度分化，不再分裂，因此不会发生核DNA→核DNA，①错误；　
②几乎所有的细胞都能合成合成RNA聚合酶，②正确；
③几乎所有的细胞都能合成蛋白质，因此会发生mRNA→蛋白质，③正确；　　
④RNA→DNA表示逆转录过程，只发生在被少数病毒侵染的细胞中，④错误；　
⑤水稻根尖成熟区表皮细胞已经高度分化，不再分裂，因此不会出现染色质→染色体，⑤错误；
⑥水稻根尖成熟区表皮细胞能进行有氧呼吸，因此可以发生[H]+O₂→H₂O，⑥正确；　
⑦水稻根尖成熟区表皮细胞不能进行光合作用，因此不会发生H₂O→[H]+O₂，⑦错误．
综合以上可知，②③⑥正确．
故选：D．