A、DNA分子中碱基的特定排列顺序构成了一个DNA分子的特异性，A正确；
B、DNA分子主要分布在细胞核的染色体中，此外在细胞质的线粒体和叶绿体也含有少量DNA，因此DNA分子主要在染色体上，B正确；
C、基因是有遗传效应的DNA片段，C正确；
D、基因中碱基对的排列序列蕴含着遗传信息，D错误．
故选：D．