很多蛋白酶的酶切位点是有一定特点的.例如胰蛋白酶水解赖氨酸和精氨酸的羧基形成的肽键,糜蛋白酶水解含有苯丙氨酸,络氨酸,色氨酸等残基的羧基形成的肽键,等等.据此,可以选择相应的蛋白酶经行酶切.