A、氢氧化钠属于离子化合物，氢氧根离子中含有极性共价键，不含非极性共价键，故A错误；
B、过氧化钠中的过氧根离子，存在O-O非极性共价键，故B正确；
C、氯气属于单质，不是化合物，故C错误；
D、二氧化碳中的C-O键属于极性共价键，不存在非极性共价键，故D错误；
故选B．