什么跟什么 说的太不清楚饿了 只要你需要的那段序列是对的不就行了嘛 跟引物序列有啥关系 毕竟大部分的PCR引物设计都是在需要的序列两端隔一段距离 而且如果你测序是拿PCR引物测的话 那前面的几十个碱基都是测不准的就是，原来做的样品，在比对的时候是保留引物的（引物是实验室根据genbank上的序列自行设计的），而现在做的样品，在ncbi上查到的一些序列也是带有pcr引物的（通用引物），一些则不带，而我们是用pcr直接测序，这样的结果是不带引物的，去除头尾的碱基后再去比对，这样子得到的结果是可以的吗？谢谢不好意思我还不是很明白不过我的意思是带不带引物都不会影响你比对的结果对吧只要引物中间的部分序列是正确的有没有引物那部分序列都可以比对正确