微生物在生物质能源方面的应用是很广泛的,如酶对木质纤维素（秸秆等）的降解作用.举个例子：微生物产生的纤维素酶、半纤维素酶将木质纤维素降解成葡萄糖,葡萄糖又经酵母等微生物发酵产生乙醇,燃料乙醇由此产生.
绿色环保上也离不开微生物,如废水的净化处理,工农业废弃物的降解处理.