A、所有配子不经过受精形成的新个体都是单倍体（无论含有几个染色体组），所以四倍体水稻的配子形成的子代虽然含有两个染色体组，但仍是单倍体，A错误；
B、二倍体水稻与经秋水仙素处理得到的四倍体水稻杂交得到的后代三倍体水稻是不育的，故二倍体水稻与经秋水仙素处理得到的四倍体水稻不属于同一物种，B错误；
C、二倍体水稻与四倍体水稻杂交得到的后代为含三个染色体组的三倍体水稻，C正确；
D、二倍体水稻的花粉经离体培养得到单倍体只含有1个染色体组，不能形成正常配子，高度不育，D错误．
故选：C．