（1）设运动时间为t，则PB=6-t，BQ=2t，
则S_△PBQ=

1

2

PB•BQ=

1

2

×（6-t）×2t=8，
解得t=2或t=4，
故经过2秒或4秒时，△PBQ的面积等于8cm²．
（2）根据（1）中所求出的S_△PBQ=

1

2

PB•BQ=

1

2

×（6-t）×2t，
整理得S_△PBQ=-t²+6t．
当t=-

b

2a

=3时，S_△PBQ最大=

−36

4×(−1)

=9，
故S_{五边形APQCD}=S_矩形ABCD-S_△PBQ最大=6×12-9=63cm²．
故当t=3秒，五边形APQCD的面积最小，最小值是63cm²（4分）