您这个问题未免有些钻牛角尖,不过问得好
语法书上只有你写的上述3种情况,在"so+主语+谓语"这个部分倒装中,我能确定的是,so只能表示肯定,只能用于前句是肯定的句子,来表示“他确实是这样子的,他确实做了”之类的观点,（这是对你第三种情况的补充）,而“Sam didn't come here yesterday.Neither he did.”,第一,这种情况我是从来没看见过它可以用来表示“Sam确实没来过这里,一般来说都应朝“neither+谓语+主语”这种情况去想,第二,从意思上来看,"neither"首当其冲的意思是“两者都不”,要使用他的话,前提是先有一个人（东西）,然后与“neither”后的“另一个”作“比较”,相对而言地说,要注意前句和后句的主语是不同的人（东西）,而“Sam didn't come here yesterday.Neither he did.”,这句话假设要成立,必定前后主语一致,所以两者矛盾,假设不成立.
所以in my opinion,1.在"so+主语+谓语"这个部分倒装中,so只能用于肯定句；2.neither不能在否定句后表示这句否定句确实是“否定的”.诶呀我滴亲妈啊 终于等到高手了 那您能说下在需要对否定的内容予以肯定时应该用什么呢?so+主语+谓语的后面加上not吗? 比如 TOM isn't good at maths,so he isn't吗?谢谢啊大虾 就盼着你了 小弟这问题一直没想通哎呀 你是男的啊 我想只有女生才会问出这么刁钻抠门的问题嘞外国人说话很有技巧和智慧的，但也很直的，‘TOM isn't good at maths’，是就是，不是就不是，Yes or No，若要与特别的方式去强调，更直更夸张的方法就是body language,就是这么简单的，语法是来自于生活的，正因为在生活中普遍才形成语法，这是很大众的东西，孩子，做语法题时呢不要为了做语法而作语法，语感很重要，再动脑经做，也不要绞尽脑汁，会很累的，比起你这个问题，还不如去找找其他关于表示强调否定的方法，虚拟呀，被动呀，从句呀，把这么多结合起来，把他生活化，这都要你自己去做，去积累的。