(1)∵二次函数y=-x2+2x+m的图象与x轴的一个交点为A(3,0),
∴-9+2×3+m=0,
解得:m=3;
(2)∵二次函数的解析式为:y=-x2+2x+3,
∴当y=0时,-x2+2x+3=0,
解得:x=3或x=-1,
∴B(-1,0);
(3)如图,连接BD、AD,过点D作DE⊥AB,
∵当x=0时,y=3,
∴C(0,3),
若S△ABD=S△ABC,
∵D(x,y)(其中x>0,y>0),
则可得OC=DE=3,
∴当y=3时,-x2+2x+3=3,
解得:x=0或x=2,
∴点D的坐标为(2,3).
另法:点D与点C关于x=1对称,
故D(2,3).