A、酶的作用机理是降低反应活化能而不是提高活化能，A错误；
B、在酶的催化作用下，物质的分解需要消耗能量，但酶与底物的结合不需要能量，B正确；
C、蛋白质水解后形成多肽，并不是两个氨基酸，C错误；
D、丙、丁结构相同，应为同一种物质，D错误．
故选：B．