A、含有DNA的细胞器有线粒体和叶绿体，细胞核不属于细胞器，A错误；
B、原核细胞中没有线粒体和叶绿体，但是也发生能量的代谢，B错误；
C、根尖细胞中没有叶绿体，C错误；
D、只有植物细胞中含有叶绿体，而线粒体普遍分布在真核生物细胞中，D正确．
故选：D．